近接ライゲーションテクノロジーDovetail Genomics®

ゲノムアセンブリ受託サービス

受託サービス 主な特徴

近接ライゲーションのプロフェッショナルによる信頼性の高いプロジェクト

サンプル送付からデータ納品までの標準的パイプライン

ドラフトアセンブリ（N50 > 100 kbp）をお持ちの場合は、PacBio HiFiシークエンスによるドラフトアセンブリ作成を除くこともできます。

近接ライゲーションライブラリ作成ワークフロー

Omni-C®では、エンドヌクレアーゼによる断片化により、制限酵素サイトに依存せず、ゲノム全体にわたって均一なカバレッジが得られます。

お持ちのデータ、目的のデータに応じて、必要な解析を組み合わせることが可能。

サンプル送付だけで、あらゆる生物種から最高品質のゲノムアセンブリを作成

対応サンプル

動物組織/細胞、昆虫、海洋生物、植物組織　200 mg～数 g程度　（新鮮凍結サンプル）
サンプルのご準備・輸送方法についての詳細は、サンプル準備ガイドをご用意しておりますので、お問い合わせください。

納品データ

ゲノムアセンブリデータ（FASTA, BAMフォーマット）、解析レポート
DNA抽出から近接ライゲーションライブラリ作成、シークエンス、ゲノムアセンブリまでの場合。

イネ科植物ウマノチャヒキ（Bromus tectorum）のデノボアセンブリ例

PacBioのリードを用いて作成したドラフトアセンブリ（Input Assembly）と、Dovetail® Omni-C®近接ライゲーションライブラリを使用して、HiRise®によるゲノムアセンブリDovetail® HiRise® Assembly）を行った結果を示しています。

左のコンタクトマトリクスは、作成したゲノムアセンブリが7本の染色体レベルまで到達していることを明確に示しています。

PacBio HiFi ロングリード × Omni-Cテクノロジーによる多倍体ゲノムアセンブリの構築

PacBio HiFi ロングリードとDovetail Omni-Cテクノロジーに、Dovetail独自のバイオインフォマティクスワークフローを組み合わせることで、高品質の多倍体ゲノムアセンブリをゼロから構築することができます

ヘテロ接合性の低いゲノムの場合

ヘテロ接合性の低い（<1%）異質4倍体の場合、ハプロタイプの分解に十分な変異を含まないため、Low-Heterozygosity (LH)ワークフローにより、サブゲノムに分解します。

推定ヘテロ接合性 0.1％の4倍体イネ科植物をLH ワークフローを用いてサブゲノムに分解した例。BUSCOによる高い完全性と連続性が実証されています。

ヘテロ接合性の高いゲノムの場合

ヘテロ接合性の高い（>1%）異質4倍体の場合、ハプロタイプの分解に十分な変異を含むため、High-Heterozygosity (HH)ワークフローにより、ハプロタイプに分解します。

推定ヘテロ接合性 1％の4倍体イネ科植物をHH ワークフローを用いてハプロイドに分解した例。 BUSCOによる高い完全性と連続性が実証されています。

サービス仕様

Dovetail®　De Novo Genome Assembly Project

Dovetail®　Scaffolding Project

Dovetail　Genome® Annotation Project

各種情報

Dovetail Genomics ウェブサイト（英語）

ケーススタディ Dovetail Genomics’ Plantain Genome Enhances Food Security（英語）

テックノート Not All Genome Assemblies are Created Equal（英語）