マイクロアレイデータ解析ソフトウェアGeneSpring
特徴
GeneSpringは遺伝子発現アレイなどの数値解析、生物学的解析など、さまざまな機能を搭載したデータ解析ソフトウェアです。遺伝子発現解析機能に加え、miRNA、RealTimePCR、CNV、SNP、Pathway解析等も行う事が可能です。
素早く簡単なデータ処理
大量のプローブを含むマイクロアレイのデータ（※1）から興味のある遺伝子を抽出・分類し、遺伝子群に意味づけを行うまでが、ボタンをクリックしていくだけで簡単に完了します。
解析の流れの例を示したワークフロー付きなので、GeneSpringが、解析方法に悩まれる時間を軽減します。解析時間もおよそ30分（※2）と、短い時間で解析結果を出すことができます。
※2 Agilentアレイ（遺伝子発現データ）の解析・データのエクスポートにかかる時間
データ取込み時間例 Agilent
| プラットフォーム | アレイ数 | 取込所要時間 | ファイル形式 | ファイルサイズ(MB/1file) | PCメモリ(GB) |
|---|---|---|---|---|---|
| 遺伝子発現解析 | 6 | 12秒 | txt | 1 | 8 |
| miRNA解析 | 16 | 18秒 | txt | 5 | 8 |
※Windows 7(CNVのみWindows XP) 使用の場合
データ取込み時間例 Affymetrix
| プラットフォーム | アレイ数 | 取込所要時間 | ファイル形式 | ファイルサイズ(MB/1file) | PCメモリ(GB) |
|---|---|---|---|---|---|
| 発現解析 | 12 | 1分50秒 | CEL | 13 | 8 |
| ExonSplicing解析 | 6 | 2分30秒 | CEL | 65 | 8 |
| CNV解析 | 74 | 1時間15分 | CEL | 32 | 32 |
※Windows 7(CNVのみWindows XP) 使用の場合
論文数はNO.1
GeneSpringを利用した論文数は、PMCで9,900報を超えており、マイクロアレイ解析ソフトのスタンダードです。
論文数他社比較
| GeneSpring | 9,900報 |
|---|---|
| A社 | 151報 |
| B社 | 143報 |
GeneSpringで可能な解析
GeneSpringをご購入頂いた場合、下記2つのモジュール用にライセンスが付与され、両方を御利用頂けます。
GeneSpring GX
マイクロアレイの発現解析、Exon解析、miRNA解析、SNP/CNVアレイ解析、GWAS解析用モジュール
豊富な種類の下記プラットフォームでの解析に加え、発現解析×miRNA解析の様な、異なるプラットフォームを組み合わせた統合データ解析が可能。
遺伝子発現データ
Agilent、Affymetrix、Illuminaのカタログアレイに対応。その他のメーカーのアレイでも、テキストファイルをご用意頂ければカタログアレイと同じく数値解析が可能です。
miRNAアレイデータ
AgilentのmiRNAアレイに対応。miRNAのターゲット候補遺伝子を探索するTarget Scanも搭載されているため、特定のmiRNAの発現によって発現変動している可能性のある遺伝子を探索することができます。
Exonアレイデータ
Affymetrix、AgilentのExonアレイに対応。Agilentでは遺伝子レベルとExonレベルでのスプライシング解析をサポート。TranscriptやExonの情報を視覚化するツールも充実しています。
SNP/CNVデータ
Affymetrix、Illuminaアレイを用いたSNPケースコントロールスタディ及びコピーナンバーバリアント解析に対応しています。
Pathway Architect standalone
パスウェイ解析用モジュール
BioPaxやWikipathwayを用いた既知のパスウェイとの関連性を調べることが可能です。
（単体では使用できません。GeneSpring GXと合わせてご購入下さい。）
Pathway解析可能な生物種
- ヒト
- マウス
- ラット
- ショウジョウバエ
- シロイヌナズナ
- 出芽酵母
- 線虫
- 大腸菌
- 枯草菌
- コナミドリムシ
- 結核菌
- アカパンカビ
- イネ
- 熱帯熱マラリア原虫
- トウモロコシ
解析の流れを導くワークフロー
アレイのプラットフォーム毎に使用しやすいワークフローを搭載。データを最適化するクオリティコントロール(QC)→統計検定→Pathway解析のように配置されたワークフローを進んでいくだけで、どなたでもスムーズに解析を進めていくことができます。
解析の流れを導くワークフロー
QC
サンプルQualit y Control、Expression Level、Flag、分散を利用したプローブのフィルタリングツールが搭載されています。
統計検定
ANOVA、2way,3way ANOVA、t-testなどの統計解析手法が搭載されています。
Fold解析
クラスタリング
k-means、階層型、自己組織化マップの手法があります。
GSEA解析
目的の遺伝子リストがBroad InstituteでまとめられたGeneSetに重複するかをFold Changeを持って検定し、生物学的解釈を行います。
miRNA解析
QC
統計検定
TargetScan
miRNAと関連が予測される 遺伝子を算出します。
GO解析
発現解析の結果抽出された遺伝子群がどのようなGOTermとの関連性が深いかをFisher’s Exact Testで検定します。
Pathway解析
Exon解析
QC
Exonスプライシング統計解析
スプライシングインデックスによるフィルター
CNV解析
QC
共通のCNVバリアントの探索
Copy Neutral LOHフィルター
Parent Specific Copy Number フィルター
データ解釈のための多様なビジュアライズ機能
改良されよりパワフルになったGenome Browser機能により遺伝子発現、CNV、SNP情報等を統合表示しマルチオミクスデータのビジュアライズをサポートします。
プラットフォーム、生物種間の解析
異なるメーカーのアレイ間や、相同遺伝子を利用した生物種間での遺伝子リストのやり取りが可能です。
外部データ、サードパーティーとの連携
Rとの連携
R Editorが搭載されているため、Rのスクリプトを利用した解析が可能です。
GeneSpringの対応データ
| 対応データ | 対応プラットフォーム | ファイル形式 |
|---|---|---|
| AffymetrixAssociation Analysis | Genome-Wide Human SNP Array 6.0/5.0 Human Mapping 500K Array Set/100K Set | CEL |
| AffymetrixCopy Number | Genome-Wide Human SNP Array 6.0/5.0 Human Mapping 500K Array Set/100K Set | CEL |
| Affymetrix Gene/Exon | GeneChip® Gene/Exon ST array | CEL/CHP |
| Affymetrix HTA/MTA/RTA/Clariom | HTA/MTA/RTA/Clariom array | CEL/CHP |
| Affymetrix Expression | GeneChip®3’ Expression Arrays | CEL/CHP/TXT |
| Agilent Single Color | Single Color DNA Microarrays | TXT |
| Agilent Two Color | Two Color DNA Microarrays | TXT |
| Agilent miRNA | microRNA Microarrays | TXT |
| Agilent Exon Single/Two color | Exon Microarrays | TXT |
| Illumina Association Analysis | BeadChips | TXT |
| Illumina Copy Number | BeadChips | TXT |
| IlluminaSingle Color | BeadChips | CSV/TSV/TXT |
| Generic Single Color | カスタムアレイ（一色法） | CSV/TSV/TXT |
| Generic Two Color | カスタムアレイ（二色法） | TXT |
| Pathway Experiment | TXT | |
| Real Time – PCR | ABI 7900HT Fast Real Time PCR System | TXT |
動作環境
| Platform | OS | メモリー | HDD空き容量 （データ領域は別途必要） |
ディスプレイ |
|---|---|---|---|---|
| PC（64bit） | Windows 8、10 ※4 | 4GB ※1 | 30GB以上 ※2 | 1024 x 768以上 |
| Mac | Mac OS X 10.9, 10.10, 10.11, 10.12 10.15、11以降では動作しません |
4GB ※1 | 30GB以上 ※2 | 1024 x 768以上 |
| 開発元 | アジレント・テクノロジー株式会社 https://www.chem-agilent.com/ |
|||
- ※1 SNPやコピーナンバー等の大量のデータを解析する場合、メモリ8GB以上を推奨しております。
- ※2 全Sampleファイルサイズの5倍以上のデータ領域が必要になります。
- ※3 GeneSpringは解析に必要な情報をインターネット経由でダウンロードするため、インターネット接続環境でお使い頂くことを推奨しております。
- ※4 上記はクリーンインストール時の対応OSです。Windows10に対応しましたが、GeneSpringをインストールしたままのWindows10へのOSアップデートは決して行って頂きませんようお願い致します。
詳細につきましては、こちらからお問い合わせください。
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