パスウェイ解析ソフトウェアIPA
特徴
IPAはRNA-Seqやマイクロアレイ、プロテオミクス、メタボロミクスなどのオミックス実験より得られたデータをもとに、生物学的な機能の解釈やネットワーク/パスウェイ解析を行うソフトウェアです。豊富な相互作用情報や分子情報がデータベース化されているため、分子生物学の辞書としてもお使いいただけます。
論文投稿用の美しいパスウェイ描画機能付き！
IPA論文での引用実績数
2024年7月現在、関連論文等へ34,698回の引用実績。
＊PMCでIngenuity Pathway Analysisを検索をした結果
ナレッジ＆データベース
遺伝子、タンパク質、組織、細胞、ドラッグ、疾患などに関する、約1,330万 （2024年7月現在）にもおよぶ生物学的機能、相互作用に関する情報が収集されたデータベースです。すべての情報はPh.D.をもつ医学・生物学の各専門分野の科学者によって精査され、その信頼性が確保されています。情報は毎週更新されるため、つねに最新の情報を利用することが可能です。
Ingenuity Knowledge Baseの構成
Ingenuity Expert Findings
トップジャーナルに掲載された論文の全体から、実験に基づく情報を抽出し、実験条件などの付加情報も付加した信頼性の高い情報です。
Ingenuity ExpertAssist Findings
幅広い論文のアブストラクトから、コンピューターによって抽出された情報を、専門の科学者が精査することで信頼性を確保した情報です。
Ingenuity Expert Knowledge
様々な文献からマニュアルキュレートされたシグナリング/メタボリックパスウェイ、 医薬品/ターゲット分子/疾病の関係、治験、毒性に関する情報です。
Ingenuity Supported Third Party Information
厳選された第三者公共データベースに由来する情報です。遺伝子、タンパク質、複合体、細胞、細胞内小器官、組織、医薬品、化合物、細胞プロセス、疾患、臨床表現型などの情報が含まれています。
IPAの主な機能
データ解析
解析概要の可視化
Graphical Summary
自身のオミックスデータの解析結果から分子、パスウェイ、表現型の関連性を可視化します。これにより解析結果の概要把握を手助けします。
因果解析
Regulator Effects
自身のオミックスデータセットの上流調節因子と下流の疾患/機能の解析結果を統合することで、上流調節因子の変動が、データセットの分子を通じて、下流にどのような結果を引き起こすのかを可視化します。
オミックスデータの解析
オミックスデータの関連するシグナリングパスウェイ、 メタボリックパスウェイ、分子ネットワーク、 生物学的プロセスを判断
Canonical Pathway
データセットに関連するシグナリング/メタボリックパスウェイを同定し、それらの活性化状態を予測します。
Upstream Regulator Analysis
データセットの発現変動を引き起こしている、miRNAや転写因子などを含む上流調節分子を探索し、それらの活性化状態を予測します。
Downstream Effects Analysis
データセットの発現変動に基づき、下流にある疾患や生物学的機能と、それらの活性化状態を同定します。
Comparison Analysis
ヒートマップ表示により、異なるデータセットの全体的な傾向や類似点を素早く比較、可視化します。
ネットワーク/パスウェイ構築
Molecule Activity Predictor (MAP)
選択した分子の発現変動から、ネットワークやパスウェイの上流調節因子、下流の疾患/機能の活性化状態を予測します。
Path Designer
ネットワーク/パスウェイを、さまざまな分子、テキスト、高品質な生物学的アイコン、背景などにより編集し、論文発表用グラフィックスをデザインできます。
Advanced Anslytics
すべてのIPAユーザーにAdvanced Anslytics機能をご利用頂けます。
BioProfiler
データベースから、特定の遺伝子や化合物、疾患、生物学的機能の詳細な情報を検索、フィルタリング/ソートし、リスト化します。
IsoProfiler
異常な発現パターンを有する転写産物、関連する疾患/機能、GTEx発現データを用いた組織特異的発現など、研究と関連する生物学的特性を持つアイソフォームを特定します。
Phosphorylation Analysis
リン酸化プロテオミクスデータセットの、リン酸化レベルの変化を引き起こしている可能性のある上流調節因子を探索します。
Causal Network Analysis
データセット分子の発現を制御している可能性のある、複数上流の調節因子を探索し、未知のマスター調節因子の発見を手助けします。
microRNA-mRNAの統合解析
microRNAデータセットの生物学的解釈を、microRNA-mRNAのペアリングツールとmRNAのフィルタリングツールで実現
- TargetScan、TarBase、論文よりキュレートされた知見から、microRNAのmRNAターゲットを予測
- microRNAとmRNAの発現値のペアリング、フィルタリングをすることで相互作用のある可能性の高いmRNA-microRNAの組合せを検出
- ターゲットとしてのmRNAを、生物種、疾病、組織、パスウェイ、細胞株などでフィルタリング可能
検索機能を使用した解析
Search from Knowledge Base
遺伝子や化合物などの分子、疾患、生物学的機能、パスウェイを検索し、詳細な働きや、関連する分子を閲覧することができます。
検索結果からネットワークの構築を行うことや、分子リストとして保存することも可能です。
追加有料オプション
Analysis Match
Analysis Match
データベースにある他のIPAの解析結果と、ご自身の結果を比較解析することで、結果の理解を深め、新たな生物学的解釈を発見します。
Activity Plot
スキャッタープロットを用いて特定の解析結果を探索することで、バイオマーカー探索、ドラッグリポジショニング、生物学的機能の解明などが可能です。
Land Explorer for IPA
Land Explorer for IPA
50万サンプルにおよぶ膨大な疾患オミックスデータベースに接続することで、興味関心のある遺伝子について、特定の組織や細胞における発現、アップ/ダウン制御の要因となる疾患や治療法、変異が頻繁に起こるがん、患者の生存に及ぼす変異の影響などの情報を素早く確認することができます。
他のソフトウェアとの連携
GeneSpringGX、RosettaResolver、Spotfireとの連携機能により、IPAへの発現情報等のアップロード、IPAで絞り込んだ分子情報の各ソフトへの取り込みという双方向のやり取りが可能です。
解析可能な実験系
- マイクロアレイ
- microRNA
- mRNA
- qPCR
- プロテオミクス
- ジェノタイピング
- RNA-Seq
- メタボロミクス
対応ID
* 異なる種類のIDが混在していてもアップロードすることができます。
General Genomic Analysis
- Entrez Gene
- GenBank
- Gene Symbol
- UniGene
- dbSNP ID
Proteomic Analysis
- GenPEPT
- GI number
- International Protein Index
- UniProt/Swiss-Prot
Next Generation Sequencing
- RefSeq
- Ensembl
- UCSC hg18, 19 & 38
Metabolomic Analysis
- CAS Registry Number
- KEGG
- PubChem CID
- Human Metabolome Database (HMDB)
Transcriptomic Analysis
- Affymetrix Probe (SNP, Exon) ID
- Agilent Probe ID
- Illumina Probe ID
- Code link Probe ID
- ABI Probe ID
microRNA
- miRBase (mature)
- miRBase (stemloop)
対応生物種
- Human（ヒト）
- Mouse（マウス）
- Rat（ラット）
* 下記生物種の特有遺伝子は、HomoloGeneのOrtholog情報によりヒト・マウス・ラット遺伝子にマッピングされます。
- Atlantic Salmon (Salmo salar)
- Bat (Greater horseshoe bat, Rhinolophus ferrumequinum)
- Caenorhabditis elegans
- Cat (domestic, Felis catus)
- Chicken (Gallus gallus)
- Chimpanzee (Pan troglodytes)
- Chinese hamster (Cricetulus griseus, CHO-K1)
- Cow (Bos taurus)
- Crab-eating macaque (Macaca fascicularis)
- Dog (Canis lupus familiaris)
- Fruit fly (Drosophila melanogaster)
- Golden hamster (Mesocricetus auratus)
- Guinea pig, domestic (Cavia porcellus)
- Horse (Equus caballus)
- Pig (Sus scrofa)
- Rabbit (Oryctolagus cuniculus)
- Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
- Rhesus Monkey (Macaca mulatta)
- Saccharomyces cerevisiae
- Schizosaccharomyces pombe
- Sheep (Ovisaries)
- Thale cress (Arabidopsis thaliana)
- Western clawed frog (Xenopus tropicalis)
- Zebrafish (Danio rerio)
インジェヌイティー収集のナレッジデータのデータソース
下記の著名ジャーナルを含むジャーナルからヒト、マウス、ラットの分子生物、遺伝子、遺伝子産物、低分子情報を科学者が全文（図表も含む）から抽出し、IPA独自のオントロジーによりデータベース化しています。さらに広範囲な論文から人手によりレビューされた自然言語処理抽出情報も収集されています。
- Blood
- Cancer Research and Clinical Research
- Cell
- Current Biology
- Development
- EMBO J. and EMBO Reports
- Endocrinology/ Molecular Endocrinology
- European J. of Immunology
- FASEB Journal
- Genes and Development
- Hypertension
- Immunity
- J. Biological Chemistry
- J. Cell Biology
- J. Experimental Medicine
- J. Immunology
- J. Lipid Research
- J. Neuroscience
- Molecular and Cellular Biology
- Molecular Biology of the Cell
- Molecular Cell
- Nature
- Nature Cell Biology
- Nature Genetics
- Nature Medicine
- Neuron
- Oncogene
- Proc. National Acad. Sciences USA
仕様・動作環境
| Windows | Mac | |
|---|---|---|
| OS | Windows 11, Windows 10, Windows 8 | macOS Sonoma 14, macOS Ventura 13, macOS Monterey 12 |
| Web ブラウザ | Microsoft Edge 94以降, Firefox 91以降, Chrome 110以降 | Firefox 91以降, Safari 16 以降, Chrome 110以降, Microsoft Edge 94以降 |
| Java | JRE 1.8.0_xx以降 | JRE 1.8.0_xx以降 |
* IPAのサーバーにログインして解析を行うため、インターネット接続が必須になります。
* WebStart版の他に、IPA Clientが利用できるようになりました。
下記よりご利用のOSのバージョンに合ったインストーラーをダウンロードし、インストールして頂くと、デスクトップやDockからIPAが起動できるようになります。
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