バイオインフォマティクス解析ソフトウェアSingleron

CeleSCOPE®
Singleronのシングルセルトランスクリプトームデータを解析するための無償ソフトウェアです。
対応データ | FASTQファイル |
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出力データ | QCレポート、bamファイル、遺伝子発現マトリックスファイル |
CeleSCOPEはGitHubから無償ダウンロートいただけます。
https://github.com/singleron-RD/CeleScope
推奨動作環境
OS | 64bit Linux |
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RAM | 3Gbゲノムの解析の場合64GB以上を推奨 |
パッケージ | mambaもしくはconda |
CeleLens™ Cloud
CeleLens™ Cloudはクラウドコンピューティングソフトウェアで、遺伝子発現マトリックスファイル等をアップロードすることで、UMAP、t-sneによる次元圧縮プロットや、細胞のアノテーションなどが可能なユーザーフレンドリーなクラウドソフトウェアです。
対応データ | 遺伝子発現マトリックスファイル、.hgファイル、.loomファイル、.rdsファイル、.h5adファイル |
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特長
ユーザーフレンドリー
数回のマウスクリックのみで解析が可能です。パラメータの調整も直感的に可能なユーザーインターフェースを備えています。
細胞アノテーション
シングルセルRNA-seqデータを機械学習したモデルを使用し、600種類以上の細胞タイプを自動的にアノテーションします。
パワフル、リーズナブル
クラウド上で動くソフトウェアのため、強力な解析機能をリーズナブルに利用可能です。
主な機能
QC機能
遺伝子発現/共発現
遺伝子発現差解析
セルラーコンポーネント
パスウェイエンリッチメント解析

SynEcoSys®
シングルセルデータベース
SynEcoSysデータベースは、数千万個のシングルセルから得られたキュレーションデータと、パスウェイ、Drug等のアノテーションデータを統合した、シングルセルナレッジベースです。提供される全てのデータセットは、精度と比較可能性を保証するために、統一されたデータ解析と細胞タイプアノテーションの基準で処理されています。
直感的なユーザーインターフェースを備えたワンストップのシングルセルデータ可視化・マイニングプラットフォームであり、シングルセルデータへの容易なアクセスを可能にします。
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