バイオインフォマティクス解析ソフトウェアSingleron

CeleSCOPE®

Singleronのシングルセルトランスクリプトームデータを解析するための無償ソフトウェアです。

対応データ FASTQファイル
出力データ QCレポート、bamファイル、遺伝子発現マトリックスファイル

CeleSCOPEはGitHubから無償ダウンロートいただけます。
https://github.com/singleron-RD/CeleScope

推奨動作環境

OS 64bit Linux
RAM 3Gbゲノムの解析の場合64GB以上を推奨
パッケージ mambaもしくはconda

CeleLens™ Cloud

CeleLens™ Cloudはクラウドコンピューティングソフトウェアで、遺伝子発現マトリックスファイル等をアップロードすることで、UMAP、t-sneによる次元圧縮プロットや、細胞のアノテーションなどが可能なユーザーフレンドリーなクラウドソフトウェアです。

対応データ 遺伝子発現マトリックスファイル、.hgファイル、.loomファイル、.rdsファイル、.h5adファイル

特長

ユーザーフレンドリー

数回のマウスクリックのみで解析が可能です。パラメータの調整も直感的に可能なユーザーインターフェースを備えています。

細胞アノテーション

シングルセルRNA-seqデータを機械学習したモデルを使用し、600種類以上の細胞タイプを自動的にアノテーションします。

パワフル、リーズナブル

クラウド上で動くソフトウェアのため、強力な解析機能をリーズナブルに利用可能です。

主な機能

QC機能

遺伝子発現/共発現

遺伝子発現差解析

セルラーコンポーネント

パスウェイエンリッチメント解析

UMAPによる可視化と細胞アノテーション例

SynEcoSys®

シングルセルデータベース

SynEcoSysデータベースは、数千万個のシングルセルから得られたキュレーションデータと、パスウェイ、Drug等のアノテーションデータを統合した、シングルセルナレッジベースです。提供される全てのデータセットは、精度と比較可能性を保証するために、統一されたデータ解析と細胞タイプアノテーションの基準で処理されています。
直感的なユーザーインターフェースを備えたワンストップのシングルセルデータ可視化・マイニングプラットフォームであり、シングルセルデータへの容易なアクセスを可能にします。

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