次世代シーケンスデータ解析ソフトウェアStrand NGS

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特徴

Strand NGSは、次世代シーケンスデータの解析、マネジメント、図示化ができる統合的なツールです。RNA-Seq, DNA-Seq, ChIP-Seq, Methyl-Seq, small RNA-Seq, MeDIP-Seqに対応しています。
スタンダードな生物種のシーケンスアノテーションを簡単にダウンロードでき、その他の生物種についてもアノテーションを作成することが可能です。
多様なQuality Controlとフィルタリングで品質の低いデータを解析から除外します。GeneOntology、GSEA、Pathway解析などで生物学的解釈を調べられるので、単なるリード情報を実験のゴールに結び付けることができます。

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*旧バージョンAvadis NGSを含む

対応アプリケーション

RNA-Seq

遺伝子、エキソン、トランスクリプトレベルの数値化。遺伝子発現の変化、スプライシング解析、新規遺伝子の発見。

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DNA-Seq

SNP、InDel、コピーナンバー、構造変化の検出。SIFT、Polyphen2、dbSNPやCOSMICのアノテーションを使用した予測。

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ChIP-Seq

PICS、MACSを使用したピーク検出。転写因子制御結合サイト、影響のあった遺伝子、ヒストン修飾の同定。有意なモチーフ検出など。

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Small RNA-Seq

miRNA、snRNA、snoRNA、scRNAなどのSmall RNAの発現を数値化。発現差解析やターゲットmRNAの予測。

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Methyl-Seq

違いのあるメチル化領域、メチル化シトシンの検出、メチレーション効果の研究。

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MeDIP-Seq

CpGカウントとメチル化依存性の推定、異なるメチル化領域の検出とトランスクリプトモデルへのアノテーション付け。

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製品概要

アライメント

Strand NGSにはBurrows Wheeler Transformに基づいた、独自のアラインナーが搭載されています。Illumina, Ion Torrent, ABI, 454 (Roche)由来のsmall RNAのリードとDNAリード(ChIP-Seq、DNA-Seq、MeDIP-Seq)と、RNAのリード(スプライス、スプライス無しどちらも可)のアラインメントができます。ギャップやミスマッチを許容し、シングルエンド、ペアエンドどちらもアライン可能です。

※Methyl-Seqデータのアラインメントはできません。

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数値化とノーマライズ

遺伝子レベル、エキソンレベル、トランスクリプトレベルでの発現値。
ノーマライズ方法としてDESeq、Quantile、TMM、Normalize Total Sample Read Count。

データのQuality Control

アラインメント前後のQC、低品質のリードのフィルター、アダプターの除去。

データのビジュアル化

Gene View, Variant Support View, Elastic Genome Browser

Genome Browser

ゲノム上にどのようなリードがあるかを可視化。
ピーク領域、SNP、融合遺伝子などの様々な解析結果と、Cytoband、遺伝子、転写産物などのアノテーションデータを重ね合わせることが可能です。
複数の異なる領域を同時に見たり、ズームしたり、ブックマークしたりもできます。

Biological Interpretation

既知のPathwayを使用したPathway解析、NLP由来のネットワーク作成、GeneOntology、GSEA、GSA解析。

生物種

脊椎動物 ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ヒツジ、ブタ、ウマ、アカゲザル、オポッサム、ニワトリ
チンパンジー、ウシ、マーモセット、キンカチョウ
昆虫 ショウジョウバエ、エメラルドゴキブリバチ
線形動物 線虫
植物 シロイヌナズナ、モロコシ、イネ(Oryza sativa)、トマト、スイカ
真正細菌
(バクテリア)		 鼻そ菌 ATCC 23344、類鼻そ菌 K96243 uid57733、枯草菌、Bradyrhizobium japonicum
USDA 110 uid57599、大腸菌 K12、結核菌、ロドバクター・スフェロイデス 2.4.1
真核の菌類 酵母

対応データ

  • FASTA
  • FASTQ
  • unaligned BAM
  • tag-count format
  • SAM
  • BAM

動作環境

対応OS Windows (Windows 7、8、10、11)
macOS 14.4.1 (Sonoma)まで
Linux (Red Hat Enterprise Linux 6.5まで, Debian GNU/Linux 9.0まで, Ubuntu 20.04 LTSまで)
  • * 最新バージョンを新規インストールする際の対応OSです。
  • * OSアップデートについてはsupport@digital-biology.co.jpまでお問い合わせ下さい。
CPU 4core CPU 以上
メモリ 8GB RAM 以上
ストレージ 1TB以上の空き
ディスプレイ 1024×768以上
  • * 必要なディスクスペース、CPU、メモリは下記に依存します。
  • * 詳しくは、下記を表記の上support@digital-biology.co.jpまでお問い合わせ下さい。
  • 解析したいサンプル数
  • アプリケーション
  • リード数
  • * インターネット接続必要

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