よくあるご質問
配列情報マルチ解析ソフトウェアGeneious
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Geneious 好きなデータベースを用いてシーケンスにアノテーション付けする方法
アノテートしたシーケンスをお持ちの場合、そのアノテーションを他のシーケンスにマップすることができます。流れとしては、まずカスタムアノテーションデータベースを作成し、次にシーケンス上でアノテーションデータベース内のアノテーションを探します。
■カスタムアノテーションデータベースの作成
カスタムアノテーションデータベースを作成するには、Geneious内で新しいフォルダを作成し、そのフォルダ内にアノテーションされたシーケンスを入れて下さい。
そのフォルダがカスタムアノテーションデータベースになります。
■アノテーションの検索
カスタムアノテーションデータベースを作成したら、下記の手順で、シーケンスのアノテーションを探します。
1．アノテーション付けしたいシーケンス(複数も可)を選択し、シーケンスビュー(アラインメントビュー)の右側の”Live Annotate & Predict”タブをクリックします。
2．”Annotate from”のボックスをチェックします。
3．Sourceラベルの隣のフォルダ名をクリックします。
4．ウィンドウが出てきたら、カスタムアノテーションデータベースとして作成したフォルダを選択し、OKを押します。
5．必要であれば、Similarity(相同性)を調整します。
6．かなり短いアノテーションをデータベースに入れている場合は、Advancedボタンをクリックし、Index Sequence Lengthを調整します。
7．Applyボタンをクリックします。
2015/10/23 記載
Geneious どのような操作をすれば論文投稿に使用できるクオリティの図をエクスポートできますか？
File→Save As Image File….から図をエクスポートできます。JPGやPNGフォーマットの場合、デフォルトの解像度がとても低いので、プリントした際に綺麗に見えるように400%まで上げると良いでしょう。また、JPGやPNGはドットで構成されているので、拡大するには向いていません。拡大しても綺麗なのは、PDF、EPS、SVGです。SVGはAdobe社のイラストレーターやInkscapeで編集することも可能です。EMFはWindowsでPowerPointを使用したり、MacやLinuxでLibreOfficeを使用したりして編集できます(MacバージョンのPowerPointではEMFは編集できません)。SVGやEMFはベクターフォーマットなので、図を微調整したり、説明を加えたり、綺麗なまま拡大したりすることができます。
2015/10/23 記載
Geneious RNA-Seqデータを解析できますか？
GeneiousにはRNA-SeqのマッパーであるTophatやBBMapのプラグインがあります。下記よりご希望の機能のプラグインをダウンロードし、Geneiousにドラッグ&ドロップして下さい。プラグインがインストールされ、RNAのマッピングが行えるようになります。
http://www.geneious.com/plugins
また、Geneious R8以降では、遺伝子発現解析を行えます。ノーマライズされた発現値であるTPM、RPKM、FPKMを算出し、2サンプル間で発現差のある遺伝子を見つけます。
各サンプルのTPM、RPKM、FPKMを算出するには、リファレンスアセンブリを選択してAnnotate＆Predict＞Calculate Expression Levelsを選択して下さい。結果はリファレンスシーケンスのアノテーショントラックにヒートマップとして出てきます。結果を保存してからリファレンスシーケンスを選択してAnnotate＆Predict＞Compare Expression Levelsを行うと、発現値の比較を行えます。
2021年2月16日 更新
Geneious アラインメント(alignment)、デノボアセンブリ(de novo assembly)、リファレンスへのマッピング(map to reference)の違いは何ですか？
ペアワイズ/マルチプルアラインメントは、同じ遺伝子領域や遺伝子のシーケンスセット内でホモロジーを決定したい時に行います。この機能の目的は、ギャップを最小化することとシーケンスのホモロジーを最大化することです。そのため、ペアワイズ/マルチプルアラインメントは短いシーケンスを長いシーケンスにアセンブルしたり、長いシーケンスにプライマー配列をアラインしたりするのには向いていません。
アセンブリはDNAシーケンスの重複のあるフラグメントを長いコンティグにまとめるのに有効な機能です。アセンブリを促進するために、既知のリファレンスシーケンスを使用して行う(リファレンスへのマッピング)こともあれば、既知のリファレンスシーケンスを使用せずに行う(デノボアセンブリ)こともあります。
デノボアセンブリは一般的にリファレンスへのマッピングよりも計算量が多いので、大きいサイズのRAMが必要です。
2015/10/22 記載
Geneious どうすればローカルにコピーしたNCBI nrやntデータベースに対してBLASTを行えますか？
まずはカスタムBLASTの実行ファイルをGeneiousに入れます。Tools＞Add/Remove Databases＞Set Up BLAST Servicesをクリックし、ServiceのプルダウンでCustom BLASTを選択します。Let Geneious do the setupにチェックを入れて、OKをクリックします。(既に行っている場合はこの手順は飛ばして下さい)
次に下記URL からnrデータをダウンロードします。
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
nrに関連する全ての.tar.gzをダウンロードするようにして下さい。これらを解凍し、カスタムBLASTのフォルダ(Tools＞Add/Remove Databases＞Add BLAST Databaseを選択し、ServiceのプルダウンでCustom BLASTを選択して下さい。Create from file on diskを選択し、Browseボタンから指定できます)に入れます。
上記が準備できたら、クエリーシーケンスを選択してBLAST＞Database でCustom BLASTのデータベースを選択し、目的のBLASTを行って頂けます。
2015/10/22 記載
Geneious どうすれば自前のデータベースやNCBIでないデータベースに対してBLASTできますか？
まずはカスタムBLASTの実行ファイルをGeneiousに入れます。Tools＞Add/Remove Databases＞Set Up BLAST Servicesをクリックし、ServiceのプルダウンでCustom BLASTを選択します。Let Geneious do the setupにチェックを入れて、OKをクリックします。
上記が終わったら、GeneiousにBLASTのデータベースを入れます。Tools＞Add/Remove Databases＞Add BLAST Databaseを選択し、ServiceのプルダウンでCustom BLASTを選択して下さい。Create from file on diskを選択し、BrowseボタンからBLASTしたいシーケンスを含むFASTAファイルの場所を指定します。
上記が準備できたら、クエリーシーケンスを選択してBLAST＞Database でCustom BLASTのデータベースを選択し、目的のBLASTを行って頂けます。
2015/10/22 記載
Geneious Geneiousを使用した解析を論文投稿するには、どのような記載をすれば良いですか？
Geneious R11以前をご利用の際には以下のように記載をしてください
“Geneious x.x.x (x.x.xにはご利用のバージョンを記載) (https://www.geneious.com)” .
Geneious Primeをご利用の際には以下のように記載をしてください:
“Geneious Prime 20XX.x.x (20XX.x.x にはご利用のバージョンを記載).
(https://www.geneious.com)”
2015/10/22 記載
Geneious De Novoアッセンブリを行うにはどの程度のメモリーが必要ですか
推定ゲノムサイズやカバレッジにより異なりますが、以下のページ下部に記載のグラフをご参照ください。
2017/02/24記載
Geneiousチュートリアル Genbankへの投稿
Geneiousを使用したGenbankへのシーケンスの投稿方法をご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”Genbank_submission.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
添付ファイル
Geneiousケーススタディ 植物DNAの解析
Geneiousを使用したBLAST、アラインメント、系統樹解析を、植物DNAを用いてご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”Plant_Molecular_Evolution_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
添付ファイル
Geneiousケーススタディ DNA科学捜査
Geneiousを使用したシーケンスデータによる科学捜査のケーススタディをご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”DNA_forensics.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
添付ファイル
Geneiousチュートリアル CRISPR/Cas9
Geneiousを使用したCRISPR/Cas9の結合・オフターゲットサイトの検索をご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”CRISPR_R9.tutorial_Janpanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
添付ファイル
Geneiousチュートリアル サンガーシーケンスデータのアセンブル
Geneiousを使用したサンガーシーケンスデータのアセンブル方法をご紹介します。
添付ファイルをダウンロードしてGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”Assembling_Chromatograms.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
添付ファイル
Geneiousチュートリアル Gibson Assembly
Geneiousを使用したGibson Assemblyのプライマー作成、シミュレーション方法をご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”Gibson_assembly.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
添付ファイル
Geneiousチュートリアル BLAST検索
Geneiousを使用したBLAST検索方法をご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”BLAST_Searching.tutorial_Japanese”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
添付ファイル
Geneiousチュートリアル 遺伝子発現解析
Geneiousを使用した遺伝子発現解析法をご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、Geneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”Expression.analysis JP”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
添付ファイル
Geneiousチュートリアル シーケンスによる分類
Geneiousを使用したシーケンスによる分類学をご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”Sequence_classifier.tutorial_JP20151018″を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
添付ファイル
Geneiousチュートリアル マイクロサテライト解析
Geneiousを使用したマイクロサテライト解析方法をご紹介します。
添付ファイルをダウンロードして、zipファイルのままGeneiousにドラッグ&ドロップして下さい。
デモデータと説明がGeneiousにインポートされます。
ドキュメントビューワーに表示されている”Geneious Microsatellite Plugin Tutorial”を選択すると、Helpパネルに説明が現れます。
【注意点】
・ダウンロードした.zipファイルを解凍せず、そのままGeneiousにインポートして下さい。
・Safarなどzipファイルを自動解凍するWebブラウザーを使用する場合は自動解凍を解除するか、他の自動解凍をしないWebブラウザーを使用してください。
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